O digluconato de clorexidina é o princípio ativo mais eficaz no controle químico do biofilme bacteriano. Porém o seu uso contínuo pode ocasionar alguns efeitos colaterais como:
> Distúrbios ou alterações no paladar: devido à desnaturação das proteínas de superfície dos botões gustativos.
>Descamação da mucosa ou do epitélio oral: devido à precipitação da camada de mucina, reduzindo seu efeito lubrificante.
> Pigmentação da língua.
>Descoloração dos dentes e restaurações.
>Lesões descamativas.
A suspensão do uso corrige esses efeitos.